山岳信仰に由来する滝への崇拝と結びついたのが「滝行」です。蛇(じゃ)滝と琵琶(びわ)滝は、薬王院の水行道場として使われています。
現在も、修験者による滝行が行われ、年間を通じ、一般の人も修行することができます。