据传，药王院由日本奈良时代的高僧行基菩萨于744年开山创立。寺院内的药王院饭绳权现堂等四座建筑及两尊佛像均被指定为东京都有形文化遗产。寺院内建有鸟居，保留了神佛习合（指融合佛教与神道原生神祇的信仰）的浓厚氛围。